少数腱鞘囊肿可自行消退，但也有部分患者经多种方法治疗，仍反复发作。
1.非手术疗法
虽然腱鞘囊肿保守治疗复发率较高，，但此类方法创伤最小，易于被患者接受，临床上可作为首选方法。可通过挤压使腱鞘囊肿破裂，逐渐自行吸收，但是治疗后可能复发。与关节腔相通的不容易破裂，可采用穿刺方法抽出囊液，然后加压按揉，或将囊液抽出后注入肾上腺皮质激素或透明质酸酶，局部加压包扎2天，有一定疗效。
2.手术治疗
其他方法治疗无效时，可手术切除腱鞘囊肿。术后应避免患病的关节剧烈活动，以防复发。